O objetivo deste artigo é apresentar uma abordagem sistêmica para o Monitoramento e Avaliação (M&A) de programas do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES). A experiência do BNDES em M&A foi iniciada com o uso do Quadro Lógico, que teve um importante papel na explicitação dos objetivos e indicadores de efetividade dos programas operacionalizados pelo Banco. Entretanto, constatou-se que o Quadro Lógico não era adequado aos casos de programas mais complexos, nos quais os efeitos sistêmicos são mais relevantes. A motivação principal, então, foi criar uma ferramenta capaz de modelar e captar os efeitos dos programas do BNDES classificados como estruturantes. Para tal, este artigo desenvolve o conceito de Análise Sistêmica de Efetividade, baseado no arcabouço conceitual do Balanced Scorecard e na Teoria de Sistemas, para criar uma abordagem sistêmica de análise dos efeitos de uma política pública. Em seguida, o método foi aplicado ao caso do Fundo Tecnológico do BNDES (Funtec), um instrumento de apoio não reembolsável, cuja finalidade é apoiar projetos cooperativos entre academia e empresas de pesquisa tecnológica aplicada. O método mostrou-se adequado para a modelagem do Funtec, apresentando resultados com maior riqueza do que seria esperado com a aplicação do Quadro Lógico.